Первоначально он включал в себя материалы об истории острова Хортицы с древних времён до современности, а также некоторые сведения о запорожском казачестве в свете советской идеологии. Большую часть всей информации занимали сведения о борьбе за социализм. В те времена музей назывался “Музей истории Запорожья”.
С обретением независимости Украины музей перепрофилирован в Музей истории запорожского казачества, а разделы экспозиции, посвящённые эпохе социализма, были демонтированы.
Сегодня Музей казачества на Хортице – одно из самых популярных мест посещения туристов, и одно из самых богатых историческими материалами мест в Запорожском регионе.